脑炎后遗症多数情况下可以治疗，改善程度与后遗症类型、治疗时机及康复干预有关，主要治疗方法包括药物治疗、康复训练、心理干预和手术治疗。
针对癫痫、肌张力障碍等神经系统症状，可使用丙戊酸钠、左乙拉西坦等抗癫痫药物，或苯海索等肌松剂，需严格遵医嘱调整剂量。
运动功能障碍需进行物理治疗与作业治疗，语言认知障碍需配合言语训练，早期系统性康复有助于神经功能重塑。
情绪障碍或行为异常需结合认知行为疗法，必要时联用舍曲林等抗抑郁药物，家庭支持对心理康复至关重要。
严重痉挛性瘫痪可考虑选择性脊神经后根切断术，难治性癫痫可能需迷走神经刺激术等外科干预。
建议保持低脂高蛋白饮食，适度进行平衡训练，定期复查评估功能恢复情况，多数患者通过综合治疗可获得生活能力改善。
