火锅涮食未煮熟的食材可能引发急性胃肠炎、寄生虫感染、细菌性食物中毒，罕见情况下可能导致李斯特菌感染或旋毛虫病。
生肉或未煮透的水产品可能携带肝吸虫、绦虫等寄生虫幼虫，彻底加热可破坏其活性，建议涮煮肉类时保持沸腾状态超过1分钟。
食材表面易污染沙门氏菌、大肠杆菌等致病菌，煮沸能有效杀灭，尤其毛肚、黄喉等动物内脏需延长涮煮时间至3分钟以上。
部分海鲜类食材可能蓄积贝类毒素或组胺，充分加热可分解部分有害物质，河豚等特殊食材必须经专业处理后方可食用。
未完全变性的动物蛋白和植物凝集素可能刺激胃肠黏膜，导致腹胀腹痛，豆制品、鲜黄花菜等需确保中心温度达到70℃以上。
除确保食材煮熟外，建议使用公筷分生熟食，涮煮过程中定期补充汤底水分以维持沸腾温度，有慢性胃肠疾病者应控制辛辣刺激锅底摄入。
