不能食用新鲜水果皮的原因主要有农药残留、天然毒素刺激、消化负担增加、致病菌污染等。
水果种植过程中使用的杀虫剂可能附着在表皮，长期摄入可能对肝脏造成损害。建议选择有机水果或使用小苏打浸泡清洗。
部分水果皮含鞣酸、氰苷等物质，如银杏果皮含银杏酸，可能引发恶心呕吐。苹果核周边果皮也存在微量氰化物。
果皮中不可溶性膳食纤维含量较高，胃肠功能较弱者可能引发腹胀腹痛。香蕉皮、菠萝皮等尤其难以消化。
运输储存过程中表皮可能沾染沙门氏菌、志贺氏菌等病原体，草莓等粗糙表皮更易藏匿微生物。
特殊品种如蓝莓、葡萄等薄皮水果经充分清洗后可连皮食用，柑橘类水果表皮蜡质层建议去除。日常建议采用流水冲洗、毛刷清洁等物理去污方式。
