多数新生儿癫痫可以通过规范治疗得到有效控制。预后与病因、发作类型及治疗时机密切相关，部分患儿可完全缓解。
缺氧缺血性脑病等可逆性病因预后较好，建议家长及时进行亚低温治疗；遗传代谢性疾病需长期用药控制，如左乙拉西坦、苯巴比妥等抗癫痫药物。
局灶性发作比全面性发作更易控制，家长需记录发作特征供医生评估，可选用丙戊酸钠缓释片等药物进行针对性治疗。
出生后3个月内开始规范治疗者效果更佳，建议家长定期复诊调整方案，必要时联合使用托吡酯等二线药物。
脑电图显示背景活动正常者预后较好，若存在脑结构异常需进行康复训练，配合营养神经药物如鼠神经生长因子。
母乳喂养期间母亲应避免摄入咖啡因，定期监测患儿生长发育指标，避免过度声光刺激诱发发作。
