病毒性结膜炎久治不愈可能由病毒持续感染、继发细菌感染、免疫力低下、治疗不规范等原因引起，可通过抗病毒治疗、抗生素治疗、免疫调节、规范用药等方式改善。
部分腺病毒或单纯疱疹病毒可能潜伏在角膜或神经节内导致反复发作，表现为眼红、畏光加重。需使用更昔洛韦滴眼液、阿昔洛韦眼膏等抗病毒药物，联合干扰素凝胶增强疗效。
揉眼等行为可能导致金黄色葡萄球菌等继发感染，出现黄绿色分泌物。需加用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素地塞米松眼膏控制感染，同时避免交叉感染。
糖尿病或长期使用免疫抑制剂患者易出现病情迁延。建议检测免疫功能，必要时使用胸腺肽肠溶片等免疫调节剂，并加强维生素A、优质蛋白摄入。
自行停药或用药频次不足会导致病毒耐药。应严格遵医嘱使用重组人干扰素α1b滴眼液等药物，完成2-3周疗程，定期复查角膜情况。
患病期间避免佩戴隐形眼镜，用生理盐水冲洗结膜囊，保证充足睡眠有助于恢复。若症状持续超过1个月需排查角膜溃疡等并发症。
