多数肛门囊肿无须手术，可通过药物治疗、热敷引流等方式缓解。处理方式主要有局部抗感染、切开引流、硬化剂注射、手术切除。
早期感染性囊肿可使用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、红霉素软膏等抗生素外用药控制炎症，配合高锰酸钾坐浴促进消退。
化脓性囊肿需由医生行小切口引流，排出脓液后配合碘伏消毒。可能与肛腺阻塞、外伤感染有关，常伴局部红肿热痛。
复发性单纯囊肿可注射聚桂醇等硬化剂使囊壁粘连。多因肛窦炎反复发作导致，表现为肛门坠胀感与间歇性渗液。
直径超过3厘米或合并肛瘘的囊肿需手术完整切除。通常与先天性肛周腺体异常相关，可能伴随肛周脓肿破溃史。
日常避免久坐压迫患处，保持肛周清洁干燥，出现持续疼痛或发热应及时复查。
