真菌性脑膜炎多数患者经规范治疗可痊愈，预后与感染菌种、免疫状态、治疗时机等因素有关，主要影响因素有真菌类型、基础疾病、药物敏感性、并发症控制。
隐球菌性脑膜炎治愈率较高，而曲霉菌或毛霉菌感染预后较差。抗真菌治疗需持续数月，常用两性霉素B联合氟胞嘧啶。
艾滋病或糖尿病患者需同步控制原发病。免疫抑制患者可能需终身维持治疗，治愈标准需结合脑脊液培养结果综合评估。
部分耐药菌株需调整用药方案。伏立康唑、卡泊芬净等二线药物可能用于特定菌种，治疗期间需监测肝肾功能。
脑积水或颅内压增高需分流手术干预。视力障碍等后遗症可能持续存在，早期腰穿减压有助于改善预后。
治疗期间应保证营养支持，定期复查脑脊液指标，免疫功能低下者需预防复发。出现头痛发热等症状应及时复诊。
