种痘后留疤通常由疫苗反应、个体体质差异、接种操作及护理不当等因素引起，常见于传统天花疫苗（牛痘）接种。
牛痘疫苗含活病毒，接种后局部发生免疫反应形成脓疱，愈合过程中真皮层受损导致纤维组织增生。
瘢痕体质者胶原代谢异常，轻微皮肤损伤即可引发过度修复，形成增生性瘢痕或瘢痕疙瘩。
多针划痕法接种深度超过真皮浅层时，可能破坏皮肤基底层细胞，增加永久性瘢痕形成概率。
接种后搔抓或未保持清洁导致细菌感染，炎症反应加重会延迟创面愈合，促进瘢痕形成。
现代疫苗接种技术已显著改善，如乙肝疫苗等采用肌注方式基本不会留疤，若出现异常瘢痕增生可就医进行激光或药物干预。
