真菌感染肺部多数可以治愈，治疗难度主要与感染真菌种类、患者免疫状态、基础疾病以及治疗时机有关，常见治疗方式包括抗真菌药物、支持治疗、手术清除病灶以及免疫调节。
肺部真菌感染需根据病原体选择药物，如两性霉素B用于曲霉菌感染，氟康唑针对白色念珠菌，伊曲康唑对组织胞浆菌有效，治疗周期通常较长。
合并呼吸衰竭需氧疗或机械通气，营养不良患者需肠内营养支持，同时控制血糖等基础疾病以改善预后。
真菌球或坏死组织导致大咯血时，可能需肺叶切除术；支气管胸膜瘘需手术修补，术后仍需持续抗真菌治疗。
HIV感染者需进行抗病毒治疗，长期使用激素者应逐步减量，粒细胞缺乏患者可考虑粒细胞集落刺激因子治疗。
治疗期间应监测肝肾功能及药物浓度，保持环境干燥减少霉菌滋生，糖尿病患者需严格控糖，出现咯血或呼吸困难需立即就医。
