EB病毒感染后多数无明显后遗症，少数可能出现慢性疲劳综合征、免疫异常、神经系统并发症或血液系统疾病。后遗症发生概率与个体免疫状态、感染严重程度等因素相关。
部分患者可能持续存在乏力、低热等症状，可能与病毒潜伏感染有关。建议保持规律作息，适当补充维生素B族，必要时可遵医嘱使用调节免疫药物如匹多莫德、胸腺肽或干扰素。
EB病毒可影响免疫系统功能，导致反复呼吸道感染或自身免疫性疾病倾向。日常需注意预防感染，出现异常免疫反应时可考虑使用免疫调节剂如转移因子、白芍总苷。
罕见情况下病毒可能侵犯中枢神经，遗留头痛、认知障碍等后遗症。营养神经治疗可选用甲钴胺、胞磷胆碱，严重者需神经专科干预。
极少数可能诱发噬血细胞综合征或淋巴增殖性疾病。需定期监测血常规，异常时及时血液科就诊，治疗药物可能包括糖皮质激素、环孢素等。
EB病毒感染后应保证优质蛋白摄入，适量补充富含维生素C的水果，避免过度劳累，建议每半年进行一次全面体检监测免疫功能状态。
