肺部真菌感染多数情况下无须手术治疗，主要通过抗真菌药物控制感染，严重并发症如大咯血或脓肿形成时可考虑手术干预。
首选两性霉素B、伏立康唑或卡泊芬净等抗真菌药物，需根据病原体类型和药敏结果选择，疗程通常较长。
当出现肺脓肿、脓胸或支气管胸膜瘘时，可能需引流或清创手术，但需在感染初步控制后进行。
合并免疫功能低下者需同步治疗基础疾病，如HIV患者需抗病毒治疗，糖尿病患者需控制血糖。
仅限药物难治性局限性病灶、反复大咯血或怀疑合并恶性肿瘤时，手术方式包括肺叶切除或病灶清除术。
治疗期间需加强营养支持，避免劳累，定期复查胸部CT评估疗效，术后仍需继续抗真菌治疗防止复发。
