左旋肉碱的危害可能包括胃肠不适、心律失常、代谢紊乱、过敏反应等。过量补充可能干扰正常代谢，特殊人群需谨慎使用。
过量摄入可能引发恶心、腹泻或腹部绞痛，与左旋肉碱刺激胃肠黏膜有关。症状较轻时可暂停补充，严重者需就医。
部分人群可能出现心悸或心动过速，尤其心脏病患者风险更高。建议心血管疾病患者避免自行补充，须遵医嘱评估。
长期超量使用可能影响甲状腺功能或胰岛素敏感性，与肉碱参与能量代谢有关。糖尿病患者使用时需监测血糖变化。
少数使用者会出现皮疹或呼吸困难等过敏表现，需立即停用并接受抗过敏治疗。过敏体质者应避免含左旋肉碱产品。
使用左旋肉碱补充剂前建议咨询医生，避免与特定药物同服，日常可通过均衡饮食获取适量肉碱。
