非淋菌性尿道炎和淋菌性尿道炎的主要区别在于病原体、症状表现、检查方法和治疗方案，常见病原体包括衣原体、支原体与淋球菌，症状轻重程度不同。
非淋菌性尿道炎多由沙眼衣原体或解脲支原体引起，淋菌性尿道炎由淋病奈瑟球菌感染导致，两者病原学检测方法不同。
非淋菌性尿道炎症状较轻，表现为尿道刺痒伴少量稀薄分泌物；淋菌性尿道炎起病急，可见黄色脓性分泌物伴排尿剧痛。
非淋菌性尿道炎需行衣原体抗原检测或支原体培养，淋菌性尿道炎通过革兰染色镜检可见白细胞内双球菌。
非淋菌性尿道炎常用多西环素、阿奇霉素等药物，淋菌性尿道炎首选头孢曲松联合阿奇霉素治疗，需注意耐药性问题。
两类尿道炎均需避免性生活至治愈，性伴侣应同步检查治疗，日常注意会阴清洁并多饮水促进排尿冲洗尿道。
