柠檬酵素可通过自制饮品、发酵食品、护肤应用、辅助消化等方式发挥作用，通常由水果发酵、微生物作用、有机酸生成、酶活性激活等原因引起。
柠檬酵素可制作成发酵饮品，将柠檬切片与糖分层密封发酵，产生益生菌和有机酸，有助于调节肠道菌群平衡。
作为天然发酵剂加入泡菜或酱料中，柠檬酵素能促进食物发酵过程，增加风味的同时帮助分解蛋白质。
稀释后的柠檬酵素液体可作为皮肤清洁剂，其含有的果酸成分具有轻微去角质作用，适合油性肤质使用。
柠檬酵素中的蛋白酶能帮助分解食物蛋白质，餐后适量饮用可缓解胃肠胀气，但对胃酸过多者需谨慎。
制作时需使用洁净容器避免杂菌污染，发酵过程产生气体需每日放气，糖尿病患者应控制含糖酵素饮用量。
