疣状表皮发育不良多数情况下不会自行消退，但部分患者可能随年龄增长有所改善。疣状表皮发育不良的治疗方法有局部药物治疗、物理治疗、免疫调节治疗、手术治疗。
使用水杨酸软膏、维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏等药物可帮助改善症状。这些药物能够促进表皮角质溶解或抑制异常增生。
冷冻治疗、激光治疗等物理方法可直接去除皮损。物理治疗适用于局限性的疣状皮损，可能需要多次治疗。
干扰素注射、咪喹莫特乳膏等可调节局部免疫功能。免疫治疗适用于广泛或多发性皮损，疗程较长。
对于顽固性或影响功能的皮损可考虑手术切除。手术治疗适用于局部严重病变，需评估瘢痕形成可能。
建议患者避免过度日晒，保持皮肤清洁，定期随访皮肤科医生评估病情变化。饮食上可适当增加富含维生素A、C的食物如胡萝卜、柑橘类水果。
