牙周萎缩可遵医嘱使用盐酸米诺环素软膏、甲硝唑含漱液、西吡氯铵含片等药物，同时需配合基础治疗控制炎症进展。
盐酸米诺环素软膏可直接作用于牙周袋抑制细菌，适用于伴深牙周袋的萎缩；甲硝唑含漱液可减少厌氧菌感染风险，使用时需避免吞咽。
西吡氯铵含片通过阳离子表面活性剂破坏菌膜，对牙龈卟啉单胞菌等致病菌有效，可能出现短暂味觉异常等不良反应。
重组人表皮生长因子凝胶可促进牙周组织再生，需在清创后局部涂抹，常见轻微刺激感但通常可耐受。
过氧化氢溶液冲洗可机械清除菌斑生物膜，联合使用氯己定含漱液能延长抗菌效果，注意长期使用可能引起牙齿着色。
药物治疗需在牙周基础治疗前提下进行，日常使用软毛牙刷配合牙线清洁，定期进行牙周维护治疗延缓萎缩进展。
