病毒性角膜炎多数可以治愈，治疗难度与病毒类型、病情严重程度、免疫状态等因素有关，主要治疗方法有抗病毒滴眼液、口服抗病毒药物、免疫调节治疗、手术治疗。
阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦凝胶、干扰素滴眼液等可直接作用于角膜病灶。单纯疱疹病毒性角膜炎早期使用可缩短病程。
伐昔洛韦片、泛昔洛韦胶囊等系统性抗病毒治疗适用于深层角膜基质炎。可能与病毒潜伏感染有关，常伴角膜知觉减退。
环孢素滴眼液适用于免疫因素导致的复发病例。可能与T细胞异常活化有关，表现为角膜免疫环形成。
角膜移植术适用于全层角膜混浊患者。病毒性角膜炎反复发作可能导致角膜内皮功能失代偿。
治疗期间需避免揉眼，保持眼部清洁，佩戴太阳镜减少光刺激，定期复查角膜愈合情况。
