西瓜霜清咽含片在医生指导下合理使用通常安全性较高，但可能引起局部黏膜刺激、过敏反应、胃肠不适等副作用。
含片中的冰片等成分可能刺激口腔黏膜，长期使用可能导致口干或灼烧感，敏感人群可改用温和型含片如银黄含片。
对西瓜霜、薄荷等成分过敏者可能出现皮疹或喉头水肿，需立即停用并遵医嘱服用氯雷他定等抗组胺药物。
部分患者吞服溶解液后可能出现恶心，建议含服后30分钟内避免饮水，胃肠敏感者可选择蓝芩口服液替代。
与华法林等抗凝药联用可能增加出血风险，慢性病患者用药前需告知医生正在服用的药物。
使用期间出现持续不适应及时停药就医，避免空腹含服，糖尿病患者慎用含蔗糖剂型。
