新生儿缺血缺氧性脑病容易与颅内出血、新生儿败血症、先天性代谢异常、脑发育畸形等疾病相混淆。
颅内出血与缺血缺氧性脑病均可表现为意识障碍和惊厥，但颅内出血多由产伤或凝血功能障碍引起，影像学检查可鉴别。
败血症早期可能出现嗜睡、肌张力低下等类似表现，但伴随发热或体温不升等感染征象，血培养检查可确诊。
如枫糖尿症等代谢疾病可表现为喂养困难、惊厥，但多有特殊气味尿或血氨异常，需通过基因检测鉴别。
脑结构异常如脑积水在出生后即出现神经系统症状，但头部影像学可见明确解剖学改变。
建议家长发现新生儿异常及时就医，医生将通过详细查体、实验室检查和影像学检查进行鉴别诊断。
