巧克力囊肿可能由遗传因素、内分泌失调、经血逆流、免疫功能异常等原因引起，可通过药物控制、手术切除等方式治疗。
家族中有子宫内膜异位症病史者患病概率较高，建议定期妇科检查。治疗以口服避孕药（如炔雌醇环丙孕酮）、促性腺激素释放激素激动剂（如亮丙瑞林）、孕激素类药物（如地诺孕素）为主。
雌激素水平异常升高会刺激子宫内膜异常生长，表现为月经紊乱和痛经加重。可通过短效避孕药（如屈螺酮炔雌醇）、非甾体抗炎药（如布洛芬）、中药调理（如桂枝茯苓胶囊）缓解症状。
月经期子宫收缩异常可能导致经血通过输卵管逆流至盆腔，引发卵巢内膜种植。腹腔镜手术可清除病灶，术后配合口服避孕药（如去氧孕烯炔雌醇）或孕三烯酮预防复发。
免疫系统无法清除异位内膜细胞时易形成囊肿，常合并慢性盆腔疼痛。治疗需使用免疫调节剂（如丹那唑）、GnRH-a类药物（如戈舍瑞林），严重者需行囊肿剔除术。
日常需避免剧烈运动诱发囊肿破裂，经期禁止性生活，适量补充维生素E和深海鱼油有助于调节内分泌功能。
