紧急避孕药可能导致月经紊乱、恶心呕吐、乳房胀痛、异常子宫出血等不良反应，严重时可能引起静脉血栓或肝功能异常。其主要危害包括激素水平紊乱、胃肠刺激、凝血功能异常、肝代谢负担增加。
大剂量孕激素会干扰正常月经周期，可能造成后续3个月内经期提前或延迟。可遵医嘱使用屈螺酮炔雌醇片、去氧孕烯炔雌醇片、左炔诺孕酮片等短效避孕药调节周期。
药物刺激胃肠黏膜引发恶心呕吐，约30％使用者会出现该症状。建议用药前少量进食，必要时使用甲氧氯普胺片、多潘立酮片、盐酸昂丹司琼片缓解症状。
孕激素可能暂时性增加血液粘稠度，肥胖或长期卧床者风险更高。出现下肢肿痛需立即就医，禁用阿司匹林肠溶片、华法林钠片、利伐沙班片等抗凝药自行处理。
药物需经肝脏代谢，肝功能异常者可能出现转氨酶升高。长期频繁使用可能诱发药物性肝炎，需监测肝功能并避免联用对乙酰氨基酚片、异烟肼片、红霉素肠溶片等肝毒性药物。
一年内使用紧急避孕药不宜超过3次，服药后出现严重头痛或视力模糊需立即就医，日常建议采用避孕套等常规避孕方式降低药物依赖风险。
