肉毒杆菌食物中毒可通过清除毒素、抗毒素治疗、呼吸支持和营养干预等方式处理，通常由食用污染食物、伤口感染、婴儿肠道定植或医源性因素引起。
立即停止食用可疑食物，使用活性炭吸附肠道残留毒素，配合灌肠减少吸收。常见污染源包括家庭自制发酵食品、罐头或真空包装肉类。
早期注射马源性肉毒抗毒素可中和血液中游离毒素，需在出现眼睑下垂、吞咽困难等神经症状后12小时内使用。抗毒素对已结合的毒素无效。
约20％患者需机械通气辅助呼吸，监测血氧饱和度与肺活量。呼吸肌麻痹是主要致死原因，重症监护可维持生命体征稳定。
吞咽障碍期采用鼻饲或静脉营养，恢复期逐步过渡至糊状食物。推荐高热量流质补充能量消耗，避免误吸导致肺炎。
出现视物模糊、呼吸困难等症状须立即就医，家庭自制发酵食品应充分杀菌，婴幼儿避免食用蜂蜜等高风险食物。
