肠镜检查通常不会对肠道造成危害，属于安全有效的检查手段。可能的风险主要有黏膜轻微损伤、短暂腹胀、麻醉相关并发症、极少数穿孔出血。
检查过程中器械接触可能导致肠道黏膜轻微擦伤，通常可自行修复，检查后出现短暂隐血属正常现象。
注气扩张肠道可能引起检查后数小时腹胀，通过适当走动和肛门排气即可缓解，无须特殊处理。
无痛肠镜使用的静脉麻醉可能引发呼吸抑制或过敏反应，但概率极低，术前麻醉评估可有效规避风险。
肠道结构异常或操作因素可能导致极少数穿孔或出血，发生率不足千分之一，需立即医疗干预。
检查前严格遵医嘱清洁肠道，术后两小时禁食后从流质饮食逐步过渡，避免剧烈运动24小时可最大限度降低风险。
