当归苦参丸可能引起胃肠道不适、皮肤过敏、肝功能异常、月经紊乱等副作用，需在医生指导下使用。
当归苦参丸可能刺激胃肠黏膜，导致恶心、腹胀或腹泻，与方中苦参的苦寒性质有关。出现症状时可遵医嘱使用铝碳酸镁、蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌等药物缓解。
部分患者对当归或苦参成分过敏，可能引发皮疹、瘙痒等反应。需立即停药并就医，医生可能建议使用氯雷他定、西替利嗪或外用糠酸莫米松乳膏。
长期服用可能影响肝脏代谢功能，表现为转氨酶升高。用药期间应定期监测肝功能，异常时可遵医嘱联用护肝片、水飞蓟宾胶囊或复方甘草酸苷片。
当归具有活血作用，可能引起经量增多或周期改变。建议女性经期停药，必要时在医生指导下使用乌鸡白凤丸、益母草颗粒或黄体酮胶囊调节。
服用期间避免辛辣刺激饮食，出现不适及时就医，定期复查血常规与肝肾功能，孕妇及过敏体质者慎用。
