自身免疫性脑炎的治疗效果与疾病类型、发现早晚等因素有关，多数患者通过免疫治疗、病因治疗、对症支持、康复训练等方式可显著改善症状。
糖皮质激素冲击、静脉免疫球蛋白是首选方案，重症患者可联合利妥昔单抗等生物制剂调节免疫功能。
针对肿瘤相关性脑炎需切除原发肿瘤，感染诱发的需抗病毒治疗，同时控制癫痫等并发症。
使用丙戊酸钠控制癫痫发作，奥氮平改善精神症状，必要时进行机械通气等生命支持。
认知功能障碍患者需进行记忆训练、语言康复等针对性锻炼，肢体瘫痪者需物理治疗。
早期规范治疗可改善预后，部分患者可能遗留认知障碍等后遗症，需长期随访评估神经系统功能。
