传染性软疣可通过咪喹莫特乳膏、水杨酸软膏、鬼臼毒素酊等药物治疗，严重者可选择冷冻治疗或激光治疗。
咪喹莫特乳膏通过激活局部免疫反应清除病毒，适用于成人及儿童患者，使用后可能出现皮肤红肿等刺激反应。
水杨酸软膏通过角质溶解作用破坏疣体，需每日涂抹，治疗期间可能出现皮肤脱屑，避免接触正常皮肤。
鬼臼毒素酊可抑制病毒复制并促使疣体坏死脱落，孕妇禁用，使用时需精确涂抹于疣体表面。
液氮冷冻通过低温破坏疣体组织，适用于顽固性或大面积皮损，治疗后可能出现水疱或色素沉着。
治疗期间应保持患处清洁干燥，避免搔抓导致病毒扩散，儿童患者需在家长监督下规范用药。
