肛门闭锁手术后多数患儿可接近正常生活，具体恢复程度与手术时机、畸形类型、术后护理及并发症控制等因素有关。
新生儿期及时手术者肛门功能恢复较好，延迟治疗可能导致直肠肌肉发育不良，需配合生物反馈训练改善排便控制。
低位闭锁术后排便功能优于高位闭锁，高位畸形常合并直肠尿道瘘等复杂问题，可能需要二次手术重建。
定期扩肛防止狭窄，家长需掌握清洁护理技巧，使用造口护理产品减少皮肤刺激，培养定时排便习惯。
大便失禁发生率约20％-40％，可能与骶神经损伤有关，严重者需植入人工肛门括约肌；便秘患者需长期使用乳果糖等缓泻剂。
术后应定期随访评估肛门功能，2岁后开始如厕训练，保证充足膳食纤维和水分摄入，避免剧烈运动造成肛门创伤。
