暖宫孕子丸可能引起胃肠道不适、过敏反应、内分泌紊乱及肝肾功能异常等副作用，使用前需严格遵医嘱评估个体适应性。
部分患者服药后出现恶心、腹胀或腹泻，可能与药物成分刺激胃肠黏膜有关。建议饭后服用以减轻症状，必要时使用铝碳酸镁、蒙脱石散等胃肠保护剂。
体质敏感者可能出现皮疹、皮肤瘙痒等过敏表现，需立即停药并口服氯雷他定、西替利嗪等抗组胺药物，严重时需就医处理。
长期服用可能干扰雌激素水平，引发月经周期改变或乳房胀痛。需定期监测激素水平，必要时配合黄体酮等药物调节。
少数患者出现转氨酶升高或尿常规异常，与药物代谢负担有关。需定期检查肝肾功能，发现异常可联用护肝片等辅助药物。
服用期间避免辛辣刺激饮食，出现持续不适需及时停药就医，孕妇及慢性病患者用药前应完成全面评估。
