基孔肯雅热的慢性期主要表现为持续性关节疼痛、关节肿胀晨僵、疲劳乏力及皮肤色素沉着。慢性期症状通常在急性期后持续数月至数年，严重程度因人而异。
75％患者出现持续性多关节疼痛，常见于手腕、手指、膝盖和脚踝，疼痛性质多为对称性钝痛或刺痛，可能伴随关节周围软组织炎症反应。
超过半数患者晨起时关节僵硬超过30分钟，活动后缓解，这与滑膜炎症导致的关节液黏稠度增加有关，部分患者可出现手指尺侧偏斜等关节畸形。
约40％患者存在持续6个月以上的重度疲劳，伴随注意力下降和睡眠障碍，可能与病毒持续感染引发的自身免疫反应有关。
30％-50％患者出现肢端皮肤色素沉着或脱屑，少数可见指甲凹陷等甲营养不良表现，这些改变与病毒感染导致的小血管内皮损伤相关。
慢性期患者需保持适度关节活动，可进行游泳等低冲击运动，饮食注意补充维生素D和钙质，若症状持续加重建议风湿免疫科随访。
