跖疣多数情况下无须治疗可自愈，但建议处理的情况包括顽固性感染、疼痛加剧、影响行走等功能障碍或免疫低下患者。
约70％跖疣在1-2年内可自行消退，病毒被免疫系统清除后角质增生可逐渐脱落，期间需保持足部干燥避免传染。
持续超过2年未愈的疣体可能出现深层扩散，可能与HPV病毒亚型毒力强、局部免疫应答不足有关，表现为疣体增大或卫星灶。
足底承重区的跖疣因受压易引发行走疼痛，可通过水杨酸贴、冷冻疗法或脉冲染料激光减轻角质压迫和病毒负荷。
糖尿病患者、HIV感染者等免疫功能受损者，因清除病毒能力下降可能导致疣体持续扩散，需早期采用电灼或光动力治疗。
日常建议穿透气鞋袜并避免赤足行走，复发者需皮肤科评估是否合并掌跖角化异常等基础疾病。
