灌肠可能引起轻度肠痉挛、电解质紊乱、肠道菌群失调以及罕见的肠穿孔等副作用。
灌肠液刺激肠壁可引发短暂性腹痛，通常表现为阵发性绞痛，避免频繁灌肠或使用过热过冷液体可降低风险。
大量灌肠液可能冲刷肠道电解质，导致低钾血症或低钠血症，表现为乏力、心悸，使用等渗溶液可减少发生概率。
频繁灌肠会破坏肠道益生菌平衡，可能引起腹泻或便秘，症状持续时可补充双歧杆菌等微生态制剂调节。
操作不当或肠道病变时可能发生，伴随剧烈腹痛和腹膜刺激征，需立即禁食并急诊手术治疗。
建议在医生指导下规范操作灌肠，灌肠后注意补充水分及富含膳食纤维的食物，出现持续腹痛或发热应及时就医。
