肛门乳头瘤多数情况下无须手术治疗。是否手术需根据乳头瘤大小、有无症状、是否恶变等因素综合判断，常见处理方式有观察随访、药物治疗、物理切除、手术切除。
直径小于5毫米的无症状乳头瘤可定期复查，每半年至1年做一次肛门指诊或肛门镜检查，观察形态变化。
合并炎症时可用高锰酸钾坐浴，或在医生指导下使用马应龙麝香痔疮栓、复方角菜酸酯栓、地奥司明片等药物缓解不适。
对体积较大但未怀疑恶变的乳头瘤，可采用激光或电凝等方式祛除，创面小且恢复快。
当乳头瘤增长迅速、伴随出血溃烂或病理提示不典型增生时，需手术完整切除并行病理检查。
日常保持肛门清洁干燥，避免久坐久蹲，饮食宜清淡多摄入膳食纤维，定期复查监测病情变化。
