目前止咳药的主要缺陷包括药物依赖风险、掩盖潜在病因、副作用明显、儿童用药限制。止咳药可能通过中枢抑制或局部麻醉作用缓解症状，但需警惕其局限性。
部分含可待因或右美沙芬的止咳药长期使用可能导致依赖性，表现为停药后咳嗽反弹。中枢性镇咳药如复方磷酸可待因口服溶液需严格遵医嘱使用，避免连续超过5天。
镇咳作用可能延误肺炎、肺结核等疾病的诊断。如细菌性肺炎患者使用氢溴酸右美沙芬糖浆后咳嗽减轻，但肺部感染仍在进展，需结合血常规和胸片检查确诊。
常见头晕、嗜睡、便秘等副作用，苯丙哌林片可能引发口干，氯哌斯汀滴丸偶见胃肠道不适。老年患者使用需警惕排尿困难等抗胆碱能反应。
美国FDA禁止2岁以下儿童使用非处方止咳药，因可能引发呼吸抑制。儿童咳嗽建议优先采用雾化吸入用乙酰半胱氨酸溶液等安全性更高的祛痰治疗。
咳嗽超过2周或伴发热、咯血时应及时就诊，避免自行长期服用止咳药。蜂蜜水、雪梨炖百合等食疗可辅助缓解干咳症状。
