鱼腥草具有抗菌消炎的功效，其有效成分鱼腥草素对金黄色葡萄球菌、流感杆菌等常见致病菌有抑制作用，可用于辅助治疗呼吸道感染、泌尿系统炎症等疾病。
鱼腥草中的癸酰乙醛能破坏细菌细胞膜结构，对革兰氏阳性菌和阴性菌均有抑制作用，临床可配合头孢克肟、阿莫西林等抗生素使用。
鱼腥草素通过抑制前列腺素合成减轻炎症反应，适用于咽炎、扁桃体炎等病症，常与布洛芬、对乙酰氨基酚等抗炎药联用。
鱼腥草多糖可增强巨噬细胞吞噬能力，改善反复呼吸道感染，建议与匹多莫德、脾氨肽等免疫调节剂协同使用。
鱼腥草注射液常用于肺炎辅助治疗，口服制剂对尿路感染有效，需注意可能引起皮疹等过敏反应，孕妇禁用。
使用鱼腥草制剂应遵医嘱，避免与寒凉食物同服，过敏体质者需先进行皮试，出现腹泻等不良反应应立即停用。
