溃疡性结肠炎的鉴别诊断需结合临床症状、实验室检查、影像学及内镜检查，主要需与克罗恩病、感染性结肠炎、缺血性肠炎、肠易激综合征等疾病区分。
克罗恩病病变呈节段性分布，内镜下可见纵行溃疡和鹅卵石样改变，病理显示透壁性炎症，与溃疡性结肠炎的连续性黏膜炎症不同。
细菌性痢疾、阿米巴肠炎等感染性疾病可通过粪便病原体检测鉴别，抗生素治疗有效，病程较短，无慢性复发特征。
突发腹痛伴血便，结肠镜检查可见区域性黏膜淤血、溃疡，多发生于脾曲等分水岭区域，血管造影可明确血管狭窄或闭塞。
功能性肠道疾病表现为腹痛与排便习惯改变，但无黏膜炎症证据，结肠镜检查及活检组织学结果正常。
确诊需完善血常规、粪便钙卫蛋白、结肠镜活检等检查，建议在消化内科医生指导下制定个体化诊疗方案，日常注意低渣饮食并记录症状变化。
