酵素可能引起胃肠不适、过敏反应、营养失衡及药物相互作用等副作用，长期过量使用可能对肝肾造成负担。
酵素可能刺激胃肠黏膜，导致腹痛、腹泻或恶心，尤其空腹服用时症状更明显。建议从低剂量开始，随餐服用减轻刺激。
部分酵素提取自菠萝、木瓜等致敏食材，可能引发皮疹、瘙痒等过敏症状。过敏体质者应避免含相应成分的产品。
长期依赖酵素分解食物可能抑制消化腺正常分泌功能，导致营养素吸收障碍。需控制使用周期，避免替代正常饮食。
代谢产物需经肝肾排泄，过量摄入可能加重器官负荷。慢性肝肾疾病患者应在医生指导下使用。
选择正规渠道产品，避免三无酵素；服用期间出现持续不适需及时停用并就医，日常优先通过均衡饮食获取消化酶。
