附睾囊肿若无症状通常无须用药，若合并感染或疼痛可遵医嘱使用头孢克肟、左氧氟沙星、布洛芬等药物。建议泌尿外科就诊明确囊肿性质后再决定治疗方案。
细菌性附睾炎继发囊肿时可使用头孢克肟或左氧氟沙星，这两种药物能有效对抗常见泌尿系统致病菌，用药期间需监测肝肾功能。
急性疼痛发作期可短期使用布洛芬等非甾体抗炎药，该类药物通过抑制前列腺素合成缓解肿痛，胃肠溃疡患者慎用。
癃清片或热淋清颗粒等中成药具有清热利湿功效，适用于慢性附睾囊肿伴坠胀感的情况，须注意与西药服用间隔两小时。
直径超过2厘米且反复感染的囊肿需考虑附睾囊肿切除术，该手术通过阴囊小切口完整剥离囊肿，术后复发概率较低。
日常应避免久坐压迫阴囊，穿着宽松棉质内裤，定期复查超声观察囊肿变化，合并血精或生育需求者需优先考虑手术治疗。
