肺部真菌感染多数可以治愈，治疗效果主要与感染真菌种类、患者免疫状态、基础疾病控制、药物敏感性等因素有关。
念珠菌感染通常对氟康唑敏感，曲霉菌感染需使用伏立康唑或两性霉素B，隐球菌感染首选两性霉素B联合氟胞嘧啶。
免疫功能正常者预后较好，HIV感染者或长期使用免疫抑制剂患者需延长疗程并控制基础疾病。
合并糖尿病需控制血糖，慢性肺病患者需改善肺功能，血液系统疾病患者需调整化疗方案。
通过药敏试验选择敏感抗真菌药物，常见耐药菌株需采用联合用药或新型抗真菌药物如卡泊芬净。
治疗期间需加强营养支持，避免接触霉变环境，定期复查胸部影像学评估疗效，出现呼吸困难等加重症状应及时复诊。
