肺部真菌感染的临床表现主要有咳嗽、胸痛、发热、咯血。症状按病程发展可分为早期浸润期、进展期和终末期。
早期多为刺激性干咳，随病情进展可出现黄白色粘痰或血丝痰，肺曲霉菌感染时可能咳出支气管管型痰栓。
病变累及胸膜时出现针刺样胸痛，深呼吸或咳嗽时加重，隐球菌感染常见胸膜下结节伴胸痛。
常见不规则中低热，侵袭性肺曲霉病可出现稽留高热，免疫功能低下者可能出现体温不升。
多见于血管侵袭性真菌感染，毛霉菌病可突发大咯血，曲霉球患者常有反复少量咯血。
出现不明原因呼吸道症状伴发热时应尽早就医，免疫功能低下者需特别注意预防真菌感染，保持居住环境通风干燥。
