万古霉素和灭滴灵的选择需根据感染类型决定，万古霉素适用于耐药革兰阳性菌感染，灭滴灵则针对厌氧菌和原虫感染。
万古霉素是一种糖肽类抗生素，主要用于治疗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌等革兰阳性菌引起的严重感染，如败血症、心内膜炎、骨髓炎等。该药物对多数革兰阴性菌无效，但能有效对抗耐药的革兰阳性菌。使用过程中可能出现红人综合征、肾毒性等不良反应，需严格监测血药浓度。灭滴灵属于硝基咪唑类抗菌药，对厌氧菌和某些原虫有显著效果，常用于治疗腹腔感染、盆腔炎、滴虫性阴道炎及阿米巴痢疾等疾病。该药物可能引起胃肠道不适、神经系统症状等副作用，用药期间应避免饮酒。
万古霉素的优势在于对抗耐药革兰阳性菌方面具有不可替代性，但抗菌谱较窄且毒性较大。灭滴灵的优点是对厌氧菌感染疗效确切且价格较低，但对需氧菌完全无效。万古霉素的局限性是仅对革兰阳性菌有效且使用受限，灭滴灵的缺点是可能诱发耐药性且对某些厌氧菌效果有限。
两种药物均需在医生指导下使用，不可自行选择或调整剂量。用药期间应保持充足水分摄入，避免剧烈运动，注意观察是否出现皮疹、发热等不良反应。治疗期间应定期复查血常规、肝肾功能等指标，严格遵医嘱完成整个疗程以防止耐药性产生。若出现严重副作用应及时就医，不可擅自停药。
