南板蓝根与板蓝根是两种不同植物的药用部位，主要区别在于来源植物、有效成分及临床应用，南板蓝根为爵床科马蓝的根茎，板蓝根为十字花科菘蓝的根。
南板蓝根来源于爵床科植物马蓝的干燥根茎，板蓝根则取自十字花科植物菘蓝的干燥根，两者科属不同导致性状差异。
南板蓝根含靛玉红、靛蓝等成分，抗病毒作用显著；板蓝根以芥子苷、腺苷为主，更侧重清热解毒功效。
南板蓝根呈圆柱形多弯曲，断面黄白色；板蓝根为直根状，断面显放射状纹理，外皮灰黄色。
南板蓝根多用于流感、腮腺炎等病毒性疾病，板蓝根更常用于风热感冒、咽喉肿痛等热症，两者不宜互相替代。
使用前需经中医辨证，避免自行用药，风寒感冒或脾胃虚寒者慎用两类药材。
