摄入益生菌不能直接治病，但有助于改善肠道菌群平衡，对部分疾病、消化系统功能紊乱、免疫力低下、抗生素相关性腹泻有辅助作用。
益生菌可辅助治疗腹泻或便秘，可能与调节肠道菌群有关，通常表现为排便异常。可遵医嘱使用双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒、地衣芽孢杆菌活菌胶囊。
益生菌有助于缓解功能性消化不良，可能与胃排空延迟有关，通常表现为腹胀腹痛。可遵医嘱使用酪酸梭菌活菌片、凝结芽孢杆菌活菌片、复方嗜酸乳杆菌片。
益生菌对过敏性疾病有潜在改善作用，可能与免疫应答调节有关，通常表现为湿疹或鼻炎。可遵医嘱使用布拉氏酵母菌散、鼠李糖乳杆菌、婴儿双歧杆菌。
益生菌可预防抗生素导致的肠道菌群失调，可能与微生物平衡破坏有关，通常表现为水样便。可遵医嘱使用酪酸梭菌肠球菌三联活菌片、双歧杆菌乳杆菌三联活菌片、蜡样芽孢杆菌活菌制剂。
益生菌需在医生指导下使用，日常可适量食用酸奶、泡菜、味噌、纳豆等发酵食品，避免与抗生素同服。
