真菌性食管炎多数情况下不严重，及时治疗预后良好，可通过抗真菌药物、调节饮食习惯、控制基础疾病、增强免疫力等方式改善。
轻度真菌性食管炎可使用氟康唑、伊曲康唑、制霉菌素等抗真菌药物，中重度可能需要静脉给药。
避免辛辣刺激食物，选择软烂易吞咽的食物，少量多餐有助于减轻食管黏膜刺激。
糖尿病、艾滋病等免疫低下患者需积极治疗原发病，长期使用抗生素或激素者需调整用药方案。
保证充足睡眠，适当补充蛋白质和维生素，避免过度疲劳可帮助恢复免疫功能。
出现吞咽疼痛、胸骨后烧灼感等症状时应尽早就医，严重者可发展为食管狭窄或出血，但及时规范治疗多可避免。
