近视激光手术可能存在干眼症、眩光、角膜混浊、视力回退等后遗症。手术危害主要与角膜切削过深、个体愈合差异、术后护理不当、术前评估不充分等因素相关。
手术会暂时切断部分角膜神经，导致泪液分泌减少。术后需长期使用人工泪液如玻璃酸钠滴眼液、羧甲基纤维素钠滴眼液、聚乙二醇滴眼液缓解症状，多数患者在3-6个月内逐渐恢复。
夜间出现光晕或星芒现象，与瞳孔大小超过光学区有关。轻度眩光可通过避免夜间驾驶缓解，严重者可能需要二次手术扩大光学区。
角膜基质层异常愈合形成雾状浑浊，可采用激素类滴眼液如氟米龙滴眼液、妥布霉素地塞米松滴眼液抑制炎症，极少数需进行角膜移植。
残余度数反弹多发生在高度近视患者，可能与角膜上皮过度增生有关。二次增效手术需待屈光状态稳定后进行。
术后严格遵医嘱使用抗生素和抗炎滴眼液，避免揉眼及游泳，定期复查角膜地形图有助于早期发现并发症。
