基孔肯雅病毒感染后可能会留下后遗症，常见后遗症包括慢性关节疼痛、疲劳等。
基孔肯雅病毒感染后约有部分患者会出现慢性关节疼痛，这种疼痛可能持续数月甚至数年。关节疼痛主要影响手指、手腕、膝盖和脚踝等部位，可能导致活动受限。疲劳也是常见的后遗症表现，患者常感到持续性的疲倦和乏力。少数患者可能出现神经系统相关后遗症如周围神经病变，表现为肢体麻木或刺痛感。皮肤问题如持续性红斑或色素沉着也可能在个别病例中出现。
患者在急性期过后应注意保持适度活动，避免关节僵硬。建议采用温水浴和轻柔按摩缓解关节不适。保证充足睡眠有助于改善疲劳症状。饮食上多摄入富含维生素C和抗氧化物质的食物，如柑橘类水果和深色蔬菜。康复期间应定期随访医生评估恢复情况，若症状持续或加重应及时就医。
