肛周脓肿可能会复发，复发概率与治疗是否彻底、术后护理是否得当等因素有关。
肛周脓肿复发通常与治疗不彻底有关。若脓肿未完全引流或感染源未清除，残留的细菌可能再次引发感染。术后护理不当如未保持局部清洁、过早剧烈运动或饮食刺激，也可能增加复发风险。合并糖尿病等基础疾病患者因免疫力较低，复发概率相对较高。部分患者肛腺解剖结构异常，可能导致反复感染。少数情况下可能与克罗恩病等特异性炎症有关。
预防肛周脓肿复发需注意保持肛门清洁，便后温水清洗并轻柔擦干。避免久坐久站，每小时活动5分钟改善局部血液循环。饮食宜清淡，多摄入膳食纤维预防便秘。术后遵医嘱定期换药，按时服用抗生素。出现肛门坠胀、疼痛等早期症状应及时就医，避免延误治疗。
