皮肤深层真菌感染可通过外用抗真菌药物、口服抗真菌药物、光动力治疗、手术清创等方式治疗。常见病原体包括红色毛癣菌、念珠菌、曲霉菌等，可能由免疫低下、长期潮湿环境、皮肤屏障受损、糖尿病等原因引起。
联苯苄唑乳膏、硝酸咪康唑软膏、特比萘芬凝胶等可直接作用于感染部位，适用于浅层合并部分深层感染，使用时需覆盖皮损周围正常皮肤。
伊曲康唑胶囊、氟康唑片、盐酸特比萘芬片等系统性用药能渗透至真皮层，适用于甲真菌病或广泛感染，需监测肝功能与药物相互作用。
氨基酮戊酸联合红光照射可杀灭耐药真菌，适合顽固性足癣或甲癣，治疗后需避光48小时避免光敏反应。
对于真菌性肉芽肿或甲板严重毁损者，需手术切除坏死组织并取样培养，术后配合抗真菌药物灌注冲洗。
治疗期间保持患处干燥清洁，避免搔抓传播，合并糖尿病等基础疾病者需同步控制血糖，足部感染者建议每日更换消毒鞋袜。
