结缔组织性肠炎多数情况下可以控制症状，但完全治愈概率较低。治疗方案主要有免疫抑制剂治疗、糖皮质激素治疗、生物制剂治疗、营养支持治疗。
硫唑嘌呤、环磷酰胺等免疫抑制剂可抑制异常免疫反应，需定期监测血常规和肝功能。部分患者可能出现骨髓抑制等不良反应。
泼尼松、甲泼尼龙等激素能快速缓解肠道炎症，长期使用需注意骨质疏松和感染风险。建议配合钙剂和维生素D补充。
英夫利昔单抗、阿达木单抗等靶向药物适用于中重度患者，需筛查结核等感染灶。治疗期间要避免活疫苗接种。
肠内营养或肠外营养可改善营养不良状态，推荐低脂低渣饮食。严重吸收障碍患者需补充脂溶性维生素。
日常需避免辛辣刺激食物，定期复查肠镜评估黏膜愈合情况，合并其他结缔组织病时应多学科协作治疗。
