柠檬茶通常有助于消化，其酸性成分和活性物质可刺激胃酸分泌并促进胃肠蠕动。
柠檬茶中的柠檬酸能增强胃蛋白酶活性，帮助分解蛋白质类食物，缓解餐后饱胀感。茶多酚可调节肠道菌群平衡，减少产气杆菌繁殖，改善功能性消化不良症状。温热柠檬茶能放松胃部平滑肌，对寒凉引起的胃肠不适有缓解作用。但胃溃疡患者空腹饮用可能加重胃黏膜刺激，出现反酸烧心等症状。市售含糖柠檬茶过量摄入可能抑制消化酶活性，建议选择现泡无糖版本。
柠檬皮中的柚皮苷等黄酮类物质具有促进胆汁分泌的作用，可帮助乳化脂肪。维生素C参与胶原蛋白合成，有助于维持消化道黏膜完整性。但部分人群饮用后可能出现胃部刺痛，这与柠檬酸诱发食管括约肌松弛有关。胃炎急性发作或胃食管反流病患者应避免高浓度柠檬茶，防止加重黏膜损伤。
日常饮用建议在餐后30分钟，以200毫升温水冲泡新鲜柠檬片2-3片为宜。可搭配少量生姜汁增强暖胃效果，避免与碳酸饮料同饮防止胃胀加重。长期消化不良者需排查幽门螺杆菌感染或慢性胰腺疾病，单纯依赖柠檬茶可能延误病情诊断。出现持续腹痛或黑便时应及时进行胃镜检查。
