病毒性脑炎多数患者可以复原，恢复程度与病毒类型、治疗时机、年龄及基础疾病等因素有关，主要影响因素有病毒毒力、免疫状态、并发症控制、康复治疗。
肠道病毒等轻型感染预后较好，单纯疱疹病毒等重型感染可能遗留神经系统后遗症。早期使用阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物可改善预后。
免疫功能正常者恢复更快，免疫缺陷患者易进展为重症。需监测免疫球蛋白水平，必要时使用丙种球蛋白辅助治疗。
及时处理癫痫发作、颅内压增高等并发症能减少脑损伤。甘露醇降颅压、苯巴比妥控制抽搐是常用措施。
认知障碍或肢体瘫痪患者需早期介入高压氧、运动疗法等康复手段，促进神经功能重塑。
恢复期应保证优质蛋白摄入，避免剧烈运动，定期复查脑电图和头颅影像学评估恢复情况。
